Le cycle 4.6.X a principalement été marqué par la sortie du chapitre 5 de l'IFSCL : 'Créatures sauvages'. Ce nouveau chapitre est centré autour du gardien. À cette occasion, les mécaniques de jeu autour de ce monstre ont été revues. Cela est passé par l'ajout de la fenêtre 'Bulle Gardienne', inédite à l'IFSCL, et l'ajout des puces de localisation utilisées par la 'Carte Virtuelle' pour localiser les entités et les tours. La fenêtre du programme de clonage a également été complètement retravaillée.
En mode libre, ce cycle a aussi marqué l'arrivée d'un nouveau type d'attaque de XANA dans le monde réel : les assauts. Ainsi, l'attaque de la sphère électrique du chapitre 1 ou l'attaque des rats xanatifiés introduite avec le chapitre 5, ont été ajoutées au mode libre. Les joueurs ont ainsi pour la première fois pu se faire attaquer directement dans le laboratoire par les créatures de XANA.
En plus de ce nouveau type d'attaque, les mécaniques autour des puces de localisation ont également été ajoutées, avec la possibilité de récupérer les puces situées sous les panneaux de l'usine et de les recalibrer avec le panel se trouvant face à l'holomap.
Pour la première fois également, la jauge de vitalité fut utilisée pour représenter les dégâts subis par Jérémie lors d'une attaque de créatures de XANA.
