Le cycle 4.0.X marqua l'arrivée du mode histoire de l'IFSCL avec l'ajout du chapitre 1, 'Le réveil de Jérémie', dans la version 4.0.4.
Ce cycle est également celui de l'ajout du système de mission et plus généralement de tout l'overlay (clic droit) disponible en jeu. C'est également avec ce cycle que les joueurs ont pu pour la première fois en 'Partie Personnalisée' quitter le mode interface afin d'observer le laboratoire de l'usine.
La 4.0.X initia aussi la réorganisation des différentes commandes du jeu sur des programmes majeurs (virtualisation, transfert d'énergie...) ainsi que la refonte de certaines fenêtres tel que 'Statut SC' (anciennement nommé 'Refroidissement S.C.'), ou programmes telles que celui du lecteur CD. Enfin un seul nouveau programme fit son entrée avec ce cycle, la [frontrevirt], permettant de révirtualiser un lyoko-guerrier directement sur Lyoko depuis la Frontière.





























































































