Le cycle 4.3.X a eu pour ajout majeur le prologue du mode histoire. Il s'agit du point de départ de toute l'histoire imaginée par Immudelki. La sortie de ce chapitre, marqua la conclusion de 4 années d'annonce par le biais d'indices laissés aux travers des différentes Immu's Room et trailers de versions ou de trailers anniversaires.
Ainsi les joueurs ont pu explorer un futur dystopique se déroulant en 2020 où le combat entre les lyoko-guerriers et XANA ne s'est jamais arrêté. À cette occasion, de nombreux programmes exclusifs à ce chapitre ont été ajoutés au jeu. Se trouve parmi eux l'Ultrascan, qui est une version améliorée du Superscan, le Code Maître, le programme permettant de lancer des programmes multiagent ou encore l'iconique Retour vers le passé bleu, annoncé pour la première fois dans le trailer de l'IFSCL 3.4.0.
Enfin, c'est également avec ce cycle qu'a été ajouté le programme de gestion des protocoles de transfert afin de différencier la virtualisation d'un humain depuis un scanner ou la matérialisation d'un programme (tel qu'un clone ou un programme multiagent).
